Дорогая Яна! У Вас не такая сложная ситуация, как кажется. Ваш сын крещён в православной церкви, верует в Господа Иисуса Христа, носит крест и даже ходит в соответствующую школу - значит, он считает себя христианином. Постарайтесь и дальше так его воспитывать в вере, ходите на службы, Причащайтесь. Крестить второй раз нельзя, а если у Вас есть на примете подходящий мужчина, чтобы быть восприемником сына в вере, то ему достаточно привести ребёнка один раз к Причастию и он вполне может считаться крёстным отцом. А теперешнего крёстного отца сына простите, сейчас так много, если не сказать, что в основном, в кумовья выбирают людей вообще нецерковных и неверующих, Вы сами можете быть сыну вместо крёстного ( а крёстные родители и нужны, чтобы в вере наставлять и учить), почитайте сами побольше, чтобы быть готовой отвечать на вопросы  о разных религиях, в том числе чем отличается христианство от ислама и в чём особенность православия. 
 Я так поняла, что отец ребёнка с вами сейчас не проживает и имеет меньше влияния на сына, было бы сложнее, если бы вы продолжали жить в такой православно-мусульманской семье и муж был бы против православной жизни сына. Не думаю, что периодические исламские молитвы и обряды повлияют на сына, это даже с какой-то стороны и плюс - видно неравнодушие отца к сыну и думаю, Ваш сын, когда подрастёт, сделает правильный собственный выбор, главное побольше рассказывать сыну об одной и другой вере.
 
 Очень Вам рекомендую познавательный православный сайт "азбука веры" http://azbyka.ru/ и ещё советую задать этот вопрос одному из священников на форуме вышеуказанного сайта, там быстро отвечают и могут дать правильные наставления http://azbyka.ru/forum/

Божьей вам помощи!