Отличия только в обряде. Насколько я знаю, Армянская Апостольская Церковь исповедует две природы во Христе, а не одну, как пытаются ей навязать ярлык монофизитства. Есть еще Армянская Католическая Церковь, обряд армянский и соборность с Римом.