>атеисты и верующие оперируют одними и теми же понятиями, только называют их по разному, потому и путаница.
Нет, не согласен, они оперируют разными понятиями. Но Иван даже не атеист, он пантеист. Это видно по тому, что он Иван отождествляет Бога и природу. Для христиан природа - это творение Бога. 
Относительно души, тоже самое. Как это может быть одним и тем же понятием у атеистов и христиан, когда христиане считают душу бессмертной? Ну и т.д. и т.п..