При Гонории в Византии возникла новая идея — монофелитство, которая провозглашала двойственную природу и одну волю Христа. Эту идею поддерживал и Ираклий I, желавший религиозного мира среди подданных; он издал в 640 году в эдикт «Ektesis», в котором утверждал это учение. Гонорий I, православно исповедовавший, согласно Максиму Исповеднику, антропологическое монофелитство (единство воли человеческого ума и воли плоти во Христе), дважды заявлял о согласии с монофелитами, за что и был посмертно предан анафеме в числе монофелитов. Однако, в списке еретиков-монофелитов, осуждённых шестым Вселенским собором, имя Гонория отсутствует во всех догматических сочинениях Иоанна Дамаскина.

Позже критики католичества на примере Гонория I оспаривали догмат о непогрешимости папы. Католическая церковь считает, что антропологический монофелит Гонорий поддержал христологических монофелитов из-за невежества, так как не знал греческого языка и был введён в заблуждение патриархом Сергием, который преподнёс диофелитство так, будто бы у диофелитов речь шла о противоборстве человеческих воль во Христе.

Как видим, Максим Исповедник свидетельствует о православности Папы Гонория. Тут человеческое лукавство сыграло роль. Каждый ересиарх мечтал склонить на свою сторону римского Архиерея любой ценой.