Я согласен с батюшкой. Толерантность не означает, что представители отдельно взятой религии вправе навязывать свои правила в общественном учреждении. Школа - это государственное (муниципальное) учреждение, а государство у нас по Конституции светское, т.е. отделено от религии. Никто не должен подвергаться гонениям за религиозные убеждения, но и никто не имеет права, прикрываясь толерантностью, игнорировать светские законы.
Думаю, лучший ответ в этой ситуации - ссылка на приказ и то, что школа - это муниципальное учреждение, где действуют законы Российской Федерации, многонационального государства, в котором должны уважаться религиозные чувства не только мусульман, но и христиан, буддистов и других религий.
Можно привести пример. Если человек прийдет в мечеть и скажет, что я христианин и поэтому не надену головной убор, как с ним поступят? Его, как минимум, выдворят, потому что он не соблюдает правила заведения, в котором оказался. В школе - свои правила, которые должны соблюдаться всяким человеком, находящимся в ней, вне зависимости от религиозных убеждений. 

Если же ученик настолько религиозен, что не желает следовать правилам муниципльного учебного заведения, он может продолжить образование в специализированной мусульманской школе. Такие школы есть, правда, в основном, в регионах Кавказа. Но это уже его проблема. Если в душе такая любовь к Аллаху, пусть собирает вещи и едет туда, где он может учиться, не поступаясь своими принципами.