>>атеисты и верующие оперируют одними и теми же понятиями, только называют их по разному, потому и путаница.
>Нет, не согласен, они оперируют разными понятиями. Но Иван даже не атеист, он пантеист. Это видно по тому, что он Иван отождествляет Бога и природу. Для христиан природа - это творение Бога. 
>Относительно души, тоже самое. Как это может быть одним и тем же понятием у атеистов и христиан, когда христиане считают душу бессмертной? Ну и т.д. и т.п..

Для христиан - да. Но это лиш "правила" христианской веры, а точнее религии. Вопрос в вере, а не в правилах. Вечность души - для кого-то истина, для кого-то ещё требует доказательств. Но все верующие о ней так или иначе заботятся).