>Как после смерти душа может мыслить, если серое вещество утрачено?
Мозг даёт возможность сознанию срастись с телом. Разумеется душа может мыслить без тела, но пока она в теле, она вынуждена ограничеватся его возможностями. Мозг сужает спектр мироощущений, для обучения души. 
>Если душа не использует серое вещество, то как она (душа) может воспринимать модель эмпирического мира?
Никто не знает, как работает сознание. (мало мудрости в людях) 
>Если душа "живет" в теле, то в каком именно месте?
Во всём теле.